Игра начинается с воспоминания 47 о контракте в парке развлечений Балтимора, где 2 года назад из-за поломки колеса обозрения погибло много людей. В январе 2004 отец одной из жертв сделал заказ Агентству на убийство бывшего директора парка, которого по странному стечению обстоятельств оправдали на суде. 47, сбежав от европейских конкурентов в США, с радостью соглашается выполнить этот контракт. Кроме миссии «Убийство воронов» во время карнавала Марди Гра в Новом Орлеане (который в 2004 году проходил 24 февраля), по времени следующей за «Смертью шоумена», остальные «миссии-воспоминания» следуют в хронологическом порядке.

Осень 2005. Репортёр известной газеты приезжает к бывшему директору ФБР по имени Лиленд «Джек» Александр, чтобы взять интервью по поводу недавнего нападения на Белый дом, но Александр использовал согласие на интервью, как предлог для того, чтобы рассказать о таинственном 47. Они начинают обсуждать действия 47 за последние два года (2004—2006). Александр рассказывает репортёру о том, как он охотился на 47, поскольку якобы боялся, что недобропорядочные люди могут использовать его для создания целой армии идеальных клонов, однако игрок вскоре понимает: то, что рассказывает Александр, несколько не соответствует реальным событиям. Александр говорит, что однажды ему наконец удалось выйти напрямую на 47. Вот как это было.

Киллеров Агентства убивают одного за другим. Диана вынуждена закрыть Агентство. 15 августа 2005 47 уезжает из Лас-Вегаса после очередного задания, но встречает старого знакомого агента ЦРУ Смита. Тот предлагает 47 важнейшую миссию, за которую он заплатит несколько миллионов долларов — 47 должен убить вице-президента Дэниела Морриса и клона-альбиноса Марка Парчецци III, который получил заказ на убийство президента. Они оба представляют теневую организацию, занимающуюся клонированием, которая желает монополизировать этот рынок, а президент со своим желанием легализовать клонирование может сильно помешать планам этой организации. 47 удаётся выполнить задание 22 сентября, которое позже назовут «Атакой на Белый дом». Оперативники врага начинают охотиться на 47, и он вынужден спрятаться в своём убежище в Балтиморе. Вскоре его без предупреждения навещает Диана, которая говорит, что знает, как избавиться от Франчайза. Она обманом вкалывает ему яд и вниз спускается группа оперативников, чтобы забрать тело.

После этого рассказа Джек клянётся репортёру, что так ему, наконец, удалось захватить 47. В качестве доказательства он отвозит его на похороны 47, которые как раз проходят в это время.Можно скачать hitman blood money  на сайте производителей.

Тело 47 лежит в гробу в окружении охраны. Диана тайком наносит себе что-то на губы, подходит к нему, кладёт ему на грудь пистолеты Silverballer и целует. Становится понятно, что «яд», который она ввела 47, не настоящий, а на губах у неё антидот (с помощью «яда» 47 ранее вызволил из клиники агента Смита).

Если игрок догадается, как привести 47 в себя, главный герой встаёт с пистолетами, и появляется задание убить всех в округе, включая Лиленда. Если нет, то тело 47 опускают вниз и кремируют.

Через некоторое время после этой бойни, Диана, видимо, вновь открывает Агентство, и любуется гаванью Копенгагена. Она получает звонок от кого-то, кого она называет «Ваше Величество», и отвечает ему, что след 47 пропал. В это время 47 в потрёпанном борделе разговаривает с китайцем в традиционной одежде, который уводит его за кулисы, покуда экран темнеет и идут титры.